МУБИС нь 2019-2020 оны хмчээлийн жилийн байдлаар 9 сургалтын хамтарсан хөтөлбөрийг гадны их, дээд сургуультай хэрэгжүүлж байна. Тухайлбал бакалаврын түвшинд (2+2), (1+1+2), (2+1+1), (2+2+1.5), (1+2+1) ахисан түвшинд буюу магистрын (1+2) хөтөлбөрийг дараах сургуулиудтай хамтарч явуулж байна. Эдгээр хөтөлбөрүүдийн хүрээнд МУБИС-ийн оюутнууд сургалтын тодорхой хугацааг (2 жил) өөрийн сургуульд, үргэлжлүүлэн хамтын ажиллагааны гэрээтэй сургуулиудад суралцаж төгсөх боломжтой. Дараах хамтарсан хөтөлбөрүүд үр дүнтэй хэрэгжиж, олон оюутнууд элсэн суралцаж байна.
| № | Сургуулийн нэрс | Түвшин | Хамтарсан хөтөлбөр | Эхэлсэн/дуусах огноо |
| 1 |
Өвөрмонголын Багшийн их сургууль-Олон Улсын дээд сургууль |
Бакалавр | 2+2 | 2018-2023 |
| 1+1+2 | ||||
| 2+1+1 | ||||
| 2+2+1.5 | ||||
| 2 | Өвөрмонголын Үндэстний их сургууль | Бакалавр /Магистр | 2+2 | 2019-2024 |
| 1+2+1 | ||||
| 2+2+2 | 2019-2025 | |||
| 4+2 | ||||
| 3 | Зүүн Хойд Багшийн их сургууль | Бакалавр | 2+2 | 2015-2020 |
| 4 | Жинин Багшийн дээд сургууль | Бакалавр | 2+2 | 2019-2024 |
| 2+1+1 | ||||
| 5 | Хөлөнбуйр дээд сургууль | Магистр | 1+2 | 2016-2022 |
| 2+2 | ||||
| 6 | Улаанхад дээд сургууль | Магистр | 1+2 | 2018-2023 |
| /Доктор | - | |||
| 7 | Хөх хотын Үндэстний дээд сургууль | Бакалавр | 2+2 | 2017-2022 |
| 8 | Богот багшийн дээд сургууль | Бакалавр | 2+2 | 2018-2023 |
| 2+3 | ||||
| 1+1+2 |